بعد از اسلام با سقوط سلسلة ساساني به دست اعراب مسلمان، تمدّن و فرهنگ ريشهر نيز روي به اضمحلال گذاشت. بنابر نقل بلاذري در فتوح البلدان، شهر بوشهر در فاصلة سالهاي 19 تا 22 هجري قمري به دست «عثمان بين ابيالعاص» فتح شد مسلمين براي تصرف اين شهر ماهها با نيروي مستقر در بوشهر در جنگ و ستيز بودند و تلفات سنگي متحمّل شدند سردار معروف ايراني كه در مقابل اعراب در بوشهر مقاومت نمود، «شهرك» نام داشت، بلاذري در اين باره مينويسد: «شهرك» مرزبان و والي فارس، آمدن تازيان را سخت عظيم و گران ميديد زيرا داستان گستاخي و شجاعت و نيز پيروزي تا زيان را بر همة دشمنان شنيده بود، پس لشكري عظيم فراهم آورده و به راشهر [(ريشهر)] در سرزمينهاي حوزة شاپور شد، آنجاي خود در نزديكي توج است.» شهرك بعد از مقاومتهاي فراوان سرانجام به دست يكي از سپاهيان اعراب مسلمان كشته شد وبه اين ترتيب ريشهر يا بوشهر به دست مسلمين فتح شد. بلاذري جملهاي نقل ميكند كه عمق غناي مادّي و اهميّت فتح بوشهر را هر چه بيشتر مشخّص ميسازد، وي مينويسد:«اين جنگ در دشواري و كثرت نعمتي كه به دست مسلمين افتاد همانند جنگ قادسيه بود.» از احوال ريشهر (بوشهر) از فتح آن توسّط مسلمين تا زمان نادرشاه افشار (سلطنت 1160ه-1149/1747-1736 م) اطلاعات اندكي در دست است. ضربهاي كه اعراب به اين شهر وارد آوردند موجب شد كه ريشهر مركزيت و اهميّت خود را براي چندين قرن از دست بدهد و به شهري متروك و منزوي مبدّل شود. با گسترش قلمرو نادرشاه افشار تاريخ جديد بوشهر نيز آغاز شد. نادر و سياست دريايي او براي مبارزه با عثمانيها و گسترش قلمرو دريايي خود در خليج فارس سبب گرديد تا اين شهر بار ديگر مورد توجه خاص قرار گيرد. نادرشاه با به كارگماردن يك تاجر انگليسي به نام «جان التون» بوشهر را به صورت يك مركز مهم كشتي سازي و پادگان نظامي درآورد. بنا به گزارش هلنديها در زمان نادرشاه، ناوگاني با هشت تا ده هزار مرد در بوشهر مستقر بوده است، همچنين چندين كارخانه كشتي سازي نيز در اين شهر احداث گرديده بود. مورّخان و سيّاحان انگليسي كه چندين سال بعد به بوشهر سفر كردهاند، از چندين كشتي نيمه ساخته در اين شهر گزارش نمودهاند، كه محصول كارخانه كشتي سازي نادرشاه افشار در بوشهر بوده است. با مرگ نادر در سال 1160 ق/ 1747 م سپاه عظيم دريايي او بين حاكم بوشهر و بندرعباس تقسيم شده «شيخ ناصر خان آل مذكور» كه در دوران نادر يكي از درياسالان وي بود، پس از مرگ شاه، كشتيها و ناوگان مستقر در بوشهر را متصرّف شده، حكومت مقتدرانهاي براي خود در بوشهر تدارك ديد. فسايي در فارس نامة ناصري در اين خصوص ميگويد: «شيخ ناصرخان، ناخداباشي كشتيهاي نادرشاهي در درياي فارس، پسر شيخ مذكور ابومهيري از اعراب بر [(ساحل)] نجد، طرح شهر بوشهر را ريخت، در جانب جنوبي، حصاري كشيد و سه جانب ديگرش را دريا قرار داد و در سال 1150 و اند آبادي ريشهر را نقل به بندر بوشهر نمود...» بعد از فوت او فرزندش «شيخ نصرخان» در سال 1182 ق/ 1768 م حكمران بوشهر گرديد. در زمان او و پدرش كه از اعراب نجد بودند بوشهر رو به عمران و آبادي گذاشت و روابط تجاري گستردهاي با هلنديها و انگليسيها برقرار گرديد. با ظهور كريم خان زند (سلطنت 1193-1171 ق/ 1779-1757 م) و پايان دورة هرج و مرج ناشي از مرگ نادرشاه، بوشهر وارد مرحلة تازهاي شد. در سال 1177 ق/1763 م انگليسيها با حمايت شيخ نصرخان قرارداد معروفي با كريم خان زند و حكمران بوشهر منعقد كردند كه در واقع سنگ بناي حضور نظامي استعماري انگلستان در جنوب ايران و خليج فارس بود و چنانكه «دكتر امين» مينويسد؛ انگليسيها تا آن تاريخ هرگز چنين امتيازي را در خليج فارس به دست نياورده بودند. پس از مرگ كريم خان زند و نزاع و كشمكش بين بازماندگان وي بر سر قدرت، آقا محمّد خان قاجار به قدرت رسيد. در دوران قاجار، بوشهر نه تنها اهميّت خود را از دست نداد، بلكه به صورت يكي از مراكز بسيار مهم تجاري، فرهنگي و سياسي درآمد.
بوشهر در دورة قاجار شهري بود كه اكثر دولتهاي بزرگ دنيا در آن دفتر نمايندگي و كنسولگري داشتند، تجّار بزرگ در آنجا فعاليّت تجاري انجام ميدادند و دروازة جنوبي ايران براي تبادل افكار و مناسبات فرهنگي بود. بوشهر در تحوّلات دو قرن اخير داراي نقش خاصّي بوده و در سه نوبت مورد هجوم نيروهاي انگليسي قرار گرفته است كه از جمله معروفترين اين تهاجمات، ماجراي لشكركشيها انگلستان به اين بندر در سالهاي 1253 ق/ 1837 و 1273 ق/ 1856 م ميباشد. در لشكركشي دوم، باقرخان تنگستاني به همراه فرزندش احمدخان در قلعة ريشهر مقاومت سرسختانهاي در مقابل سپاه متجاوز انگليس را از خود نشان داد. بندر بوشهر تا اواخر دورة قاجاريه و پيش از كشيده شدن راه آهن سرتاسري، مركز عمده تجارت و يگانه بندر در طول تاريخ معاصر، همواره مورد تركتازي استعمارگر پير (بريتانيا) قرار گرفته چون از این نظر فقط منافع بريتانيا در خليج فارس، اهميّت زيادي براي آن كشور داشته، لذا سعي دولت انگليس بر اين بوده است كه اين ناحيه را دستاويز خود قرار داده و از آن بهرهبرداري سياسي كند.
روي همين اصل است كه ميبينم بوشهر را ابتدا در سال 1273 ه.ق (1235 ه.ش) متصرف ميشود و بعد آن را پس ميدهد و در عوض، به موجب معاهده صلح پاريس (1273 ه. ق مطابق با 1857 م) افغانستان را به دست ميآورد و به آرزوي ديرينة خود كه جدايي افغانستان از ايران و استقلال آن بود، ميرسد. در سالهاي 1907 و پس از آن 1915 ميلادي كه ايران دوپاره ميشود باز اين ناحيه را همراه با ديگر متصرفات سهميهاي از آن خود ميكند. در جريان جنگ يكم جهاني و در طول سالهاي 1915، 1916 و 1917 م، به طور مداوم بوشهر را تهديد به حمله نظامي تاراج ميكند و در همان تاريخ است كه با فيزش ميهني و مذهبي مردم جنوب به قيادت شهيد رئيس علي دلواري و پايداري سرسختانه آنها روبرو ميشود و هر بسيار را به خود راه ميدهد. باز، در واقع جنگ دوم جهاني نيز بيكار نمينشيند و اين منطقه را از نظر دور نميدارد. بوشهر از ديدگاه فرهنگي، يكي از قديميترين مراكز علم و تمدّن كشور محسوب ميشود، «دليسي اوليري»، شرق شناسي انگليسي در دو كتاب برجستة خود در مورد تاريخ ادبيات سرياني و انتقال علوم و فرهنگ يوناني به عالم اسلام از سه دانشگاه مهم در ايران ياد ميكند كه معروفترين آنها جندي شاپور ر خوزستان و بعد از آن دانشگاه يا مدرسه ريواردشير، واقع در ريشهر (محلّهاي در بوشهر كنوني) ياد ميكند كه سيستم آموزش و پرورش آن مانند مدرسة اسكندريه در مصر بوده كه آخريه مدرسه يوناني و مربوط به پائيز تمدّن يونان محسوب ميشود و سومين دانشگاه در«شنيز» در كنار خليج فارس- واقع در بندر ديلم كنوني، در انتهاي جنوبي استان بوشهر بوده است. در دورة معاصر، دبيرستان سعادت بوشهر كه در سال 1278 (ه.ش) تأسيس شده است، بعد از دارالفنون از قديميترين مدارس ايران محسوب ميشود.
هم اكنون در بخش تحصيلات عاليه، علاوه بر دانشگاه آزاد اسلامي (نخستين دانشگاه بعد از انقلاب اسلامي در بوشهر)، دانشگاههاي دولتي خليج فارس، علوم پزشكي، پيام نور، جامع علمي كاربرد، چند مركز عمدة آموزش عالي ديگر (مديريت دولتي، شيلات و كشتيراني و ...) در بوشهر مشغول فعاليتاند و از اين جهت بوشهر يكي از مراكز عمدة تحصيلات دانشگاهي در جنوب كشور محسوب ميشود